ELIXIR Norge ‐ En nasjonal infrastruktur for bioinformatikk

19 april 09:00 - 10:30
Olympia

ELIXIR Norge ‐ En nasjonal infrastruktur for bioinformatikk

ELIXIR Norge er en node i det Europeiske ELIXIR-samarbeidet innen bioinformatikk. ELIXIR utvikler, koordinerer og drifter bioinformatikk-ressurser i medlemslandene, og sørger for at brukere innen akademia og industri får tilgang til tjenester som er avgjørende for deres forskning. Norsk deltakelse i det europeiske ELIXIR- samarbeidet sikrer at våre løsninger er godt tilpasset internasjonale standarder, samtidig som vi bidrar med ressurser innenfor våre prioriterte områder som blant annet omfatter marin genomikk og metagenomikk.

For salmonider har vi etablert SalmoBase som inneholder genom-ressurser for laks og regnbueørret som er tilgjengelige i et WEB-grensesnitt. Databasen omfatter så langt data som genomsekvens, genstruktur, DNA-variasjon, gen-ekspresjon, og vil videre bygges ut med funksjonelle data. For lakselus er det etablert en tilsvarende database LiceBase. Innen marine metagenomikk har vi etablert en portal, Marine Metagenomics Portal (MMP), for å gi forskere og industri fri tilgang til marine mikrobielle ressurser bl.a. verktøy for taksonomisk klassifisering og funksjonell analyse av prøver f.eks. fra avføring, hud, vann og sediment. Vi har videre, sammen med våre europeiske partnere, bygd referansedatabaser (MAR databasene) for å gjøre tilgangen og bruken av dataene enklere.

En nøkkelkomponent av ELIXIR Norge er ​​en nasjonalt koordinert brukerstøtte. Her får brukere råd og hjelp med bioinformatiske spørsmål, og det arrangeres kurs og workshops innen bioinformatikk. I tillegg utvikler ELIXIR-Norge NELS, den norske e-infrastrukturen for livsvitenskap. Denne løsningen er tett integrert med annen nasjonal e-infrastruktur, og legger til rette for overføring, lagring og analyse av store mengder genomiske data gjennom et brukervennlig webgrensesnitt og også gjennom et programmatisk grensesnitt.

ELIXIR Norge er koordinert av Universitetet i Bergen og inkluderer Universitetet i Oslo, Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet (NTNU), UiT-Norges arktiske universitet og Norges miljø- og biovitenskapelige universitet (NMBU). Samarbeidet involverer dermed mange sentrale bioinformatikkgrupper i Norge med komplementære kompetanser. På denne måten kan ELIXIR Norge tilby bred støtte og hjelp som dekker mange områder innen bioinformatikk, inkludert neste generasjons sekvenseringsdata, microarray data, proteinstrukturanalyse, statistisk genomikk og tilgang til viktige databaser og webtjenester.