Miljøvirkninger fra lakseoppdrett har vært diskutert i flere tiår, og det er fremdeles usikkerhet knyttet til effekter på økosystemet. Dette gjelder ikke minst bruk av kjemiske metoder til avlusning, der stoffer som teflubenzuron og diflubenzuron fører til hemming av skallskifte hos krepsdyr, inkludert reker. I  2016 – 2017 ble det gjennomført en feltundersøkelse, støttet av Fiskeridirektoratet, for å kartlegge restkonsentrasjoner av teflubenzuron og diflubenzuron i sediment og krepsdyr i nærområdet til utvalgte lakseoppdrettsanlegg. Etter en detaljert bunnkartlegging rundt anleggene, ble det gjennomført et prøvefiske med teiner etter reker og sjøkreps m.m., så nært anleggene som mulig. De kjemiske analysene av både sedimentprøver og krepsdyr (reker, sjøkreps) dokumenterte restkonsentrasjoner av de to stoffene, og de høyeste verdiene ble funnet rundt mer skjermete lokaliteter. Lave konsentrasjoner i sedimentet ble påvist også i et større område. Gjennom et prosjekt støttet av Regionalt forskningsfond Vestlandet er det også samlet inn referanse materialet fra områder uten lakseoppdrett. 

Lakselus er en ektoparasittisk copepode på laksefisk i sjø, og representerer en global utfordring for lakseoppdrett. Bekjempelsen har nesten utelukkende vært basert på kjemiske midler frem til for et par år siden. Overavhengigheten av et begrenset antall av avlusingskjemikalier resulterte i et høyt nivå av resistens hos lus mot disse midler. Imidlertid er resistens- og spredningsmekanismene for de fleste av disse kjemikaliene uklare. Organofosfater (OPs), et av de viktigste midlene som brukes mot lakselus, virker ved å hemme et vitalt enzym, acetylkolinesterase (AChE), i kolinerge synapser, dette fører til parasittens død. OP er blitt brukt som behandlingsmiddel mot lakselus siden slutten av 1970-tallet i Norge, Skottland og Irland. Redusert effekt ble oppdaget tidlig på 1990-tallet på grunn av resistens i lakselus, og i dag har lakselus blitt svært resistent mot dette midlet i de fleste av disse landene. Vi har påvist at en enkelt mutasjon (Phe362Tyr) i genet som koder for AChE, er den primære årsaken til OP-resistens i lakselus i norske lakseoppdrettsanlegg. Interessant nok fant vi også en høy proporsjon av Phe362Tyr i OP-resistent lakselus fra andre lakseproduserende land som Irland, Skottland, Færøyene og det østlige Canada. Disse observasjonene bekreftet at Phe362Tyr ikke bare er begrenset til norske lakseoppdrettsanlegg, men er vidt spredt i Nord-Atlanteren og har en sterk tilknytning til lusas overlevelse etter OP-behandling. Basert på resultatene utviklet vi en rask diagnostisk analyse i samarbeid med PatoGen AS. Denne analysen blir brukt som en screeningsmetode over hele den norske kysten og i andre lakseproduserende land for å diagnostisere følsomheten av lakselus mot OPs. I tillegg gjennomførte vi genotypisk analyse og observert flere og forskjellige høyfrekvente haplotyper knyttet til det mutante allele, noe som sterkt indikerte at Phe362Tyr ikke er en ny (de novo) mutasjon, men mest sannsynlig allerede var tilstede i lakselus som en normal, lavfrekvent variant før innføring av OP i kommersiell akvakultur.

Deltametrin (DMT) er et legemidlene i gruppen pyretroider som brukes mot lakselus (Lepeophtheirus salmonis), men mange steder har lakselusa utviklet resistens med begrenset behandlingseffekt som resultat. Den beskrevne virkningsmekanismen for DMT er at DMT binder seg til spenningsstyrte natriumkanaler i nervene og hindrer signaloverføringer i nervesystemet og mellom nervesystemet og muskler. Dette er beskrevet hos pattedyr og invertebrater som insekter og midd, og man har antatt at det samme skjer i lakselus. Resistens mot pyretroider hos insekter og midd involverer mutasjoner i natriumkanalene, men foreløpige resultater tyder på at dette ikke gjelder DMT-resistens hos lakselus. For å studere eventuelle andre resistens-mekanismer ble to lakselus-stammer med ulik sensitivitet krysset. Ti hunnlus fra en laboratorie-stamme som er sensitiv for alle behandlingsmidler ble krysset med ti hannlus fra en multiresistent laboratorie-stamme, og omvendt. Etter to generasjoner ble det selektert for sensitive og resistente lus i de to familie-gruppene. Resultatet var at resistensen følger morslinjen, såkalt maternell nedarving. Det var kun når mor var resistent at avkommet ble resistent, uavhengig av sensitiviteten hos far. Dersom mor var sensitiv ble avkommet aldri resistent, selv om far kom fra en resistent stamme. Det finnes ulike genetiske forklaringer på maternell nedarving, men den mest sannsynlige i denne sammenhengen er nedarving gjennom mitokondriene, siden disse arves kun fra hunnlus (mor). Analyser av resistente og sensitive lus avdekket 175 forskjeller i mitokondrie-genomet mellom resistente og sensitive lus, hvorav 20 førte til aminosyre-endringer i de tilhørende proteinene. Alle proteinene som er kodet for i mitokondrie-genomet er viktige i cellenes energi-produksjon og er videre koblet til andre prosesser som er viktige for å opprettholde cellenes funksjon. Dersom DMT-resistens styres gjennom mitokondriene, impliserer det at DMT kan ha en direkte effekt på disse organellene hos lakselus. Dersom den nøye avbalanserte mitokondrie-funksjonen uopprettelig ødelegges vil cellen starte sin egen kontrollerte celledød; apoptose. Det ble bekreftet i denne studien at forekomsten av apoptose var lavere i resistente lus sammenlignet med sensitive lus. Det ble også funnet en effekt av DMT-eksponering på forekomsten av apoptose, både i subkutikulært vev (cellelagene som ligger rett under skallet) og i muskler. Resultatene støtter hypotesen om at mitokondriene er involvert i DMT-resistens hos lakselus. Videre peker det i retning av en helt ny virkningsmekanisme for DMT, som ikke er beskrevet for noen andre arter tidligere.

Vellykket ikke‐medikamentell, fôrbasert bekjempelse av lakselus vil kunne være banebrytende for fiskens trivsel, velferd, oppdrettsvirksomhetens påvirkning av det ytre miljø og ikke minst for næringens omdømme. Aller Aqua har utviklet et mineralbasert fôrkonsept som de har benyttet i 2 produksjonssykluser med regnbueørret i sjø gjennomført uten avlusninger. Fôrkonseptet er utviklet stegvis fra in vitro forsøk med lus, til effekt på lusesmitte i enkeltfiskenheter hos Ilab og bruk ved Aller Aqua sin FoU konsesjon ved Vadheim i Sogn og Fjordane. Innledende forsøk har vist at sammensetning av grunnfôr samt mengde mineraltilsetning påvirker effekten av fôret mot lusesmitte. Denne effekten kan også være avhengig av størrelse på fisken. Lusesmitte har fra flere kilder vist seg å påvirke jernmetabolisme i fiskens skinn, og jern er antydet å være et essensielt næringsstoff for lusa. Det ble derfor i 2016-2017 produsert duplikate grupper med regnbueørret ved Aller Aqua sin FoU konsesjon ved Vadheim gitt to nivå av jern i fôret ved bruk av blodmel i tillegg til mineraltilsetningen. Ørret på 500-1000g tildelt fôr inneholdt blodmel med et høyere jernnivå viste derimot signifikant mindre påslag av bevegelige lus sammenlignet med fisk gitt fôr uten blodmel. Denne effekten ble ikke observert for ørret på 1000-4000g. Mineraltilsetningen i disse fôrene hadde en signifikant effekt mengde påslag av kjønnsmodne holus hos ørret tildelt disse fôret sammenlignet med fisk gitt kontrollfôr uten mineraltilsetningen særlig i perioder med høyt lusepress. Resultat fra dette forsøket vil bli presentert inkludert hvordan fôret påvirker fiskens skinnhelse. I FHF prosjektet «Resept mot lus» vil denne kunnskapen benyttes videre for å utvikle denne typen fôr til laks.

Lakselus er marine ektoparasitter som har laksefisker som vert og spiser vertens blod, hud og slim. Norsk oppdrettsnæring har store utgifter til kontroll og behandling av lus (estimert til mer enn 5 milliarder kroner i 2016). Imidlertid er det påvist utvikling av resistens mot de fleste midlene som brukes til avlusning, inkludert hydrogenperoksid.  Vi har nylig sekvensert lakselusens arvestoff – lusens genomet – og annotert det i samarbeid med Ensembl. I denne sammenhengen presenterer vi LiceBase, en genom-database for lakselus og relaterte arter.  Gjennnom LiceBase gjør vi lusegenomet og tilknyttet informasjon, for eksempel om gen-uttrykk, åpent tilgjengelig. 

LiceBase inneholder data om gen-uttrykk for alle stadier i lusens livssyklus– fra egg til voksen – og for forskjellige vev.

I tillegg støtter LiceBase lagring av data fra studier der man slår ut enkelt-geners uttrykk, noe som gjøres for å kartlegge genets funksjon (såkalte RNA-interferens studier). Bruk av genomet og eksperimentelle data kan hjelpe å utvikle nye, mer målrettede medisiner og fremme utvikling av helt nye bærekraftige midler for luse-kontroll, som for eksempel vaksiner mot parasitten. LiceBase blir utviklet ved Lakselussenteret i samarbeid med Computational Biology Unit (CBU) på UiB. LiceBase er også en norsk internasjonal leveranse i Elixir.  LiceBase er fritt tilgjengelig på http://licebase.org

ELIXIR Norge er en node i det Europeiske ELIXIR-samarbeidet innen bioinformatikk. ELIXIR utvikler, koordinerer og drifter bioinformatikk-ressurser i medlemslandene, og sørger for at brukere innen akademia og industri får tilgang til tjenester som er avgjørende for deres forskning. Norsk deltakelse i det europeiske ELIXIR- samarbeidet sikrer at våre løsninger er godt tilpasset internasjonale standarder, samtidig som vi bidrar med ressurser innenfor våre prioriterte områder som blant annet omfatter marin genomikk og metagenomikk.

For salmonider har vi etablert SalmoBase som inneholder genom-ressurser for laks og regnbueørret som er tilgjengelige i et WEB-grensesnitt. Databasen omfatter så langt data som genomsekvens, genstruktur, DNA-variasjon, gen-ekspresjon, og vil videre bygges ut med funksjonelle data. For lakselus er det etablert en tilsvarende database LiceBase. Innen marine metagenomikk har vi etablert en portal, Marine Metagenomics Portal (MMP), for å gi forskere og industri fri tilgang til marine mikrobielle ressurser bl.a. verktøy for taksonomisk klassifisering og funksjonell analyse av prøver f.eks. fra avføring, hud, vann og sediment. Vi har videre, sammen med våre europeiske partnere, bygd referansedatabaser (MAR databasene) for å gjøre tilgangen og bruken av dataene enklere.

En nøkkelkomponent av ELIXIR Norge er ​​en nasjonalt koordinert brukerstøtte. Her får brukere råd og hjelp med bioinformatiske spørsmål, og det arrangeres kurs og workshops innen bioinformatikk. I tillegg utvikler ELIXIR-Norge NELS, den norske e-infrastrukturen for livsvitenskap. Denne løsningen er tett integrert med annen nasjonal e-infrastruktur, og legger til rette for overføring, lagring og analyse av store mengder genomiske data gjennom et brukervennlig webgrensesnitt og også gjennom et programmatisk grensesnitt.

ELIXIR Norge er koordinert av Universitetet i Bergen og inkluderer Universitetet i Oslo, Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet (NTNU), UiT-Norges arktiske universitet og Norges miljø- og biovitenskapelige universitet (NMBU). Samarbeidet involverer dermed mange sentrale bioinformatikkgrupper i Norge med komplementære kompetanser. På denne måten kan ELIXIR Norge tilby bred støtte og hjelp som dekker mange områder innen bioinformatikk, inkludert neste generasjons sekvenseringsdata, microarray data, proteinstrukturanalyse, statistisk genomikk og tilgang til viktige databaser og webtjenester.