Store verdikonflikter med sterke interesser utspilles i media rundt oppdrett av laksefisk. En av de store kontroversene er om lakselus fra oppdrettsanlegg påvirker villaksens overlevelse. Forskningen på dette, og som gir grunnlaget for den kunnskapsbaserte forvaltningen av oppdrett, blir kritisert, og påstander om forskningsjuks blir uttalt. Vi har sett på uttalelser i utvalgte artikler, rapporter og i media som kan knyttes til usikkerhet i kunnskap og kvalitet i forskning, og som vi betrakter som kjernen i kontroversene i tillegg til interessekonfliktene. Her diskuterer vi kvalitative aspekter ved usikkerhet i kunnskap og hvilken rolle usikkerhet har for andre forskningsetiske perspektiv, som formidling av usikkerhet, føre var-prinsippet og kvalitet i forskning. Vi kategoriserer usikkerhet i kunnskap i henhold til om den er reduserbar og om usikkerhetene kan forstås som uvitenhet, slik at den ikke kan fullt ut representeres ved statistiske metoder. Usikkerhet kan ha betydning for hvordan kvalitet i kunnskap kan forstås i sterke interessekonflikter. Samtidig er usikkerhet er utfordrende å forholde seg til og krever mye av både brukere og forskere. Vi peker her på noen viktige utfordringer, samt mulige løsninger for disse.