DNA-vaksiner mot virus er basert på injeksjon i muskel av et plasmid som inneholder genet for virusets overflateprotein, og er et lovende alternativ til forebyggelse av virusinfeksjoner i fiskeoppdrett. Transkriptom-analyser av muskel ved injeksjonsstedet kan fortelle hvilke immunceller og signalmolekyler som bidrar til å få en god immunrespons. Våre studier har vist at DNA-vaksine mot ILA-virus basert på et plasmid som inneholder genet for virusets overflateprotein hemagglutininesterase (HE) har i seg selv en dårlig beskyttende effekt. Studiene viste imidlertid at en oppnår høy beskyttende effekt av vaksinen dersom en injiserer HE-plasmidet sammen med et plasmid som uttrykker genet for type I interferon (IFN-I). IFN-I virker dermed som adjuvant i DNA-vaksinen. Transkriptom-analyser har nylig vist at IFN-I plasmid ikke bare medierer økning i transkripter for typiske IFN-I induserte gener, men også for bestemte kjemokiner samt B-og T-lymfocytter. Dette indikerer at IFN-I plasmidet induserer kjemokiner som tiltrekker B- og T-celler til injeksjonstedet. IFN-I aktiverer muligens også lymfocyttene slik at de raskere gjennomgår modning etter å ha reagert på virusproteinet HE som uttrykkes på overflaten av muskelcellene. Dette tyder på at IFN-I har en like viktig rolle i utvikling av adaptiv immunrespons hos fisk som hos pattedyr.

Transkriptom-analysene viste dessuten at plasmid-DNA alene induserer tilsvarende gener som IFN-I, men har svakere effekt. HE-plasmidet hadde derimot en hemmende effekt på plasmid-induserte gener sammenlignet med plasmid DNA. Dette tyder på at IFN-I plasmid virker som adjuvant i DNA-vaksinen mot ILA-virus ved at IFN-I opphever den hemmende effekten av HE på IFN-I induserte proteiner.

Vi fant også at DNA vaksine mot salmonid alphavirus 3 (SAV3) ga sterkere beskyttelse mot utvikling av PD enn den kommersielle vaksinen som har vært brukt i Norge i mange år. Denne vaksinen består av et plasmid som inneholder gener for overflateproteinet til SAV3. I dette tilfellet fikk vi imidlertid ikke økt beskyttelse ved å inkludere IFN-plasmid i vaksinen. Transkriptom-analyser har nå vist at DNA vaksinen mot SAV3 induserer mange av de samme genene som plasmid-DNA. SAV3-vaksinen har dermed ikke hemmende effekt på IFN-I induserte gener. Sammenlignet med plasmid-DNA ga imidlertid DNA vaksinen mot SAV3 større økning i IFN-gamma induserte gener og gir større tilstrømming av antigen-presenterende celler enn det plasmid DNA gjør. Dette kan bidra til å forklare hvorfor DNA-vaksine mot SAV3 har beskyttende effekt.