Kartlegging og overvåking av bakterievekst i landbaserte oppdrettsanlegg er svært viktig for å sikre god fiskehelse og hindre bakterielle sykdomsutvikling. Ettersom utplating på skål vil fange et veldig snevert utvalg av bakterieartene tilstede, har vi i MONITOR prosjektet brukt molekylærbiologiske metoder som involverer PCR av markørgen fra alle mikroorganismer i prøven, etterfulgt av moderne Ion Torrent sekvensering. Denne metoden gir et høyt antall identifiserte bakterier, ca 20.000-50.000 i hver prøve, og dermed også muligheten til å studere både de mest utbredte og de mer sjeldne artene i prøvene, inkludert mulige fiskepatogene arter.

Landbaserte oppdrettsanlegg for produksjonen av rognkjeks har økt kraftig de siste 5-10 årene, og oppdrettsnæringen brukte totalt 42 millioner rensefisk i 2017 (https://www.barentswatch.no/), derav flest rognkjeks. I MONITOR prosjektet har vi derfor tatt jevnlige prøver fra et gjennomstrømningsanlegg for rognkjeks for å studere hvilke bakterier som utgjør et godt mikrobielt miljø, og hvilke bakterieinfeksjoner som eventuelt kan oppstå ved ekstraordinære forhold. Vi har fulgt utvalgte fiskegrupper over tid, der vi har sammenlignet det mikrobielle samfunnet i vannprøver, biofilm og på overflaten av fisk. Målet er å finne hvilket prøvemateriale som egner seg best til overvåking, samt å definere anbefalt frekvens på prøvetakingen. Den mikrobielle kartleggingen er påbegynt, og vi har de første 286 prøvene ferdig analysert. Preliminære resultater fra tolkningen av datasettet vil bli presentert på Havbruk 2018.