Avlsselskapene bruker hvert år store summer på avlsrettet forskning for økt sykdomsresistens. Sykdommer som pankreassykdom (PD), kardiomyopatisyndrom (CMS eller «hjertesprekk»), hjerte- og skjelettmuskelbetennelse (HSMB), infeksiøs lakseanemi (ILA) og lakselus koster oppdrettsnæringen enorme summer hvert år. Fisken dør eller får redusert vekst som følge av disse og andre sykdommer. For å finne gen-varianter som gir økt sykdomsresistens utføres det ofte kontrollerte smitteforsøk (challenge-tester) ved å infisere fisken med patogenet og måle sykdomsforløpet. Individene blir også genotypert, dvs. deres DNA blir kartlagt, for om mulig å koble ulike genvarianter mot sykdomsresistens.
Smitteforsøk har vist seg effektive i avlsarbeid for økt resistens mot ulike sykdommer innen akvakultur, og har dermed bidratt til redusert sykdomsforekomst og dødelighet i felt. Slike forsøk er imidlertid kostbare og innebærer nødvendigvis en redusert dyrevelferd for test-fisken. I noen tilfeller er det praktisk vanskelig å smitte fisken på en måte som gir tilstrekkelig datagrunnlag for videre analyse, og det kan ta tid før gode smitteforsøk-protokoller etableres for nye sykdommer. Det er også nødvendig med en høy korrelasjon mellom egenskapen i smitteforsøk og i felt.
I 2014 lanserte AquaGen sitt TRACK-produkt. Dette innebærer at rogn-, settefisk- og matfiskleverandører må ha god kontroll på sin logistikk slik at ulike leveranser av TRACK-rogn- og fisk ikke blandes, og samme kombinasjon av stamfisk hanner og hunner kan ikke brukes til ulike leveranser. Dette muliggjør opprinnelsessporing ved å sammenligne DNA fra antatt rømt oppdrettsfisk med DNAet til stamfisken. Når foreldrene er gjenkjent vil også leveransen være gjenkjent, og kunne spores i logistikk-kjeden. Dermed har man betraktelig innsnevret antall anlegg/produsenter som oppdrettslaksen kan ha rømt fra.
Som følge av at kunder kjøper TRACK-produktet, vil det potensielt i mange tilfeller være kjent familiesammensetning (både hvilke familier og omtrentlig antall per familie) i merder i konvensjonell produksjon. Ved et sykdomsutbrudd kan man for disse tilfellene ta DNA-prøver fra (tilnærmet) all død fisk. Denne informasjonen kan så brukes til å identifisere opprinnelsen til den døde fisken. Data på dødelighet i merd, familie-sammensetning i merden, opprinnelse og DNA til dødfisk, samt DNA fra foreldre kan kombineres og brukes i genetiske analyser.
Vårt mål er å undersøke om TRACK-logistikken er egnet til bruk i genomisk seleksjon og til å identifisere gener for sykdomsresistens fra fisk i et kommersielt produksjonsmiljø der vi kun har DNA-prøver fra den døde produksjonsfisken og all foreldrefisk. Dette gjøres i første omgang med simulerte data.
