LiceBase – genom-data som kan bidra til kontroll av lakselus

19 april 09:00 - 10:30
Olympia

LiceBase – genom-data som kan bidra til kontroll av lakselus

Lakselus er marine ektoparasitter som har laksefisker som vert og spiser vertens blod, hud og slim. Norsk oppdrettsnæring har store utgifter til kontroll og behandling av lus (estimert til mer enn 5 milliarder kroner i 2016). Imidlertid er det påvist utvikling av resistens mot de fleste midlene som brukes til avlusning, inkludert hydrogenperoksid.  Vi har nylig sekvensert lakselusens arvestoff – lusens genomet – og annotert det i samarbeid med Ensembl. I denne sammenhengen presenterer vi LiceBase, en genom-database for lakselus og relaterte arter.  Gjennnom LiceBase gjør vi lusegenomet og tilknyttet informasjon, for eksempel om gen-uttrykk, åpent tilgjengelig. 

LiceBase inneholder data om gen-uttrykk for alle stadier i lusens livssyklus– fra egg til voksen – og for forskjellige vev.

I tillegg støtter LiceBase lagring av data fra studier der man slår ut enkelt-geners uttrykk, noe som gjøres for å kartlegge genets funksjon (såkalte RNA-interferens studier). Bruk av genomet og eksperimentelle data kan hjelpe å utvikle nye, mer målrettede medisiner og fremme utvikling av helt nye bærekraftige midler for luse-kontroll, som for eksempel vaksiner mot parasitten. LiceBase blir utviklet ved Lakselussenteret i samarbeid med Computational Biology Unit (CBU) på UiB. LiceBase er også en norsk internasjonal leveranse i Elixir.  LiceBase er fritt tilgjengelig på http://licebase.org