Photobacteriosis er en smittsom sykdom utviklet av en gramnegativ bakterie Photobacterium damselae subsp. piscicida (Phdp), som kan forårsake høy dødelighet (90-100%) i sea bream. Avl for resistens mot smittsomme sykdommer er et svært verdifullt verktøy for å forebygge eller redusere utbrudd av sykdommer, og dagens tilgjengelige avanserte seleksjonsmetoder med anvendelse av genomisk informasjon kan øke seleksjonsresponsen. En gruppe bestående av 1187 unge sea bream fra en selektert linje ved Ferme Marine de Douhet (FMD, Oléron Island, Frankrike) ble brukt i denne studien. Denne gruppen representerte 177 fullsøskenfamilier (fra 25 mødre og 84 fedre) med 1-49 individer pr familie. Disse ble smittet med virulent Phdp, og dødelighet ble registrert i 18 dager etter smitte. Vevsprøver ble samlet fra foreldrene og avkommene for DNA-ekstraksjon, biblioteklaging ved bruk av 2b-RAD og genotyping ved sekvensering. Genotypene ble brukt til å kartlegge markørene, søke etter assosiasjoner mellom genetiske markører og fenotype, og til estimering av avlsverdier.
Analysen av genetisk variasjon for resistens mot Phdp avslørte moderat arvegrad med estimater på ~ 0,32. Assosiasjonsanalysen avdekket et område (QTL), inkludert 11 SNP-markører på koblingsgruppe 17, med signifikant effekt på egenskapen, med Bonferroni-korrigert p-verdi på 2.22e-06. Andelen av den totale genetiske variansen forklart av den mest signifikante markøren var fra 13,28-16,14% avhengig av metoden som ble brukt til å beregne variansen. Sikkerheten på avlsverdiene estimert ved bruk av genomisk vs stamtavleinformasjon viste 19-27% økt sikkerhet ved bruk av genomisk informasjon.
Resultatene viser at SNP-basert genotyping av en havbrasam med 2b-RAD-tilnærming er effektivt for å fange den genetiske variasjonen for resistens mot Phdp. Prediksjonsnøyaktigheter oppnådd ved bruk av genomisk informasjon var betydelig høyere enn nøyaktigheten som ble oppnådd ved hjelp av stamtavleinformasjon, noe som fremhever viktigheten og potensialet for genomisk seleksjon i kommersielle avlsprogrammer.
