Sekvensering av PMCV (piscint myokarditt virus)-isolater har vist seg å være relativt homogene, men med variasjon i deler av ORF1 (kapsid) og ORF3 som hotspots (Wiik-Nielsen et al. 2013). Det er noen forskjeller på genom-variasjon mellom stammer fra Midt-Norge og Nord-Norge. Vi har gjennomført sekvensering av isolater av PMCV fra ulike utbrudd av CMS (kardiomyopati syndrom), og fra ulike kliniske stadier av infeksjonen.
Analyser av prøver som er undersøkt så langt viser ikke noe klart mønster hva angår kliniske symptomer, sykdommens alvorlighetsgrad, tilhørende forandringer i hjertet (patologi) og mengde virus genom påvist ved real-time PCR analyser. Det forekommer blandingsinfeksjoner med PRV – piscint orthoreovirus (HSMB) og Yersinia ruckeri. Dette vanskeliggjør tolkningen.
Det er relativt små variasjoner i ORF3 genet, men det påvises noen forskjeller mellom anlegg. Trendene er at ALV708 (konsensus-sekvensen) alltid (eller nesten alltid) er tilstede i det materialet som blir undersøkt. I tillegg finner vi varianter av ALV708 i prøver fra de ulike anleggene, selv om det ikke er et klart mønster innen eller mellom anlegg, dog kanskje en trend. For noen anlegg forekommer en variant oftere enn andre, dvs. liten variasjon. I andre anlegg er variasjonen større, dvs. antall nukleotidposisjoner med mutasjoner er høyere. En hypotese vi jobber med er at virus tidlig i forløpet er en ALV708-lik stamme og at denne diversifiseres i forløpet av en infeksjon. Vi trenger imidlertid flere prøver fra anlegg tidlig og ut i forløpet av infeksjonen for bedre å forstå dynamikken i infeksjonen. Dette kan henge sammen med at det er ALV708-stammen (eller nært beslektede varianter) som er infektive, dvs. evner å infisere laks og at enhver infeksjon utgjør en ”bottle-neck” (flaskehals) hendelse. Videre forløp av infeksjon vil medføre diversifisering (mutasjoner) og utvikling av intra-host quasi-species. Om det kan være en fordeling av quasi-species intra-vert vet vi ennå ikke.
En annen hypotese som vi også kan være at en suksessfull infeksjon kun oppstår når ALV708 forekommer som quasi-species og det er virus-skyen som muliggjør infeksjon i mål-organ (hjerte). Sekvensiell analyse av virus-varianter i ulike organer i forløpet av en infeksjon kan være en tilnærming for å avklare dette spørsmålet.
